Mokykla bendradarbiauja su:
Vilniaus r. savivaldybės švietimo skyriumi
Vilniaus r. policijos komisariatu, Nemenčinės policijos nuovada
Vilniaus r. pedagoginė ir psichologinė tarnyba
Mickūnų Švč. M. Marijos Ėmimo į dangų bažnyčia
Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės valdovų rūmai
Vilniaus technologijos ir verslo profesinio mokymo centro transporto ir verslo skyriumi
Zarasų r. Salako pagrindinė mokykla
Vilniaus Petro Vileišio progimnazija
Europos studijų fondas Lenkijoje
Vilniaus r. metodinio centro mokyklomis
Nuo 2017 m. Mickūnų gimnazija bendradarbiauja su Valstybės sienos apsaugos tarnybos prie Lietuvos Respublikos Vidaus reikalų ministerijos Vilniaus rinktinės Vilniaus oro uosto pasienio užkarda. Jaunojo pasieniečio būrelio tikslas yra plėtoti ir populiarinti pasieniečio profesiją tarp moksleivių, ugdyti jaunąją kartą, skleisti gerąją patirtį Tarnybos padaliniuose, plėtoti moksleivių saviraišką, kūrybiškumą ir jų užimtumą.