Mickūnai įsikūrę 17 km į rytus nuo Vilniaus, prie gražaus pušyno ir Vilnios upės. 1867 metais įsteigta pradinė (rusų mokomąja kalba) mokykla (istorinis šaltinis: 1911 m. sausio 18 d. „Статистическое обследование начальных училищ Российской империи”, išduotas Lietuvos valstybinio istorinio (LVIA,F.567 AP.8B8L23}323V) archyvo 
), 1957 metais ji tapo vidurine mokykla. 1984 metais mokykloje įkurta pirmoji (lietuvių gimtoji klaba) klasė.
Seniausias išlikęs mokyklos pastatas – medinis, pastatytas 1936 m. 1965 metais prie medinės mokyklos pristatytas mūrinis priestatas. O 1978 metais iškilo naujoji mokykla su sporto sale, valgykla, naujais kabinetais.
Mickūnų gimnazija yra Mickūnų gyvenvietėje, nutolusioje nuo Vilniaus Naujosios Vilnios mikrorajono 7 kilometrus Polocko plento linkme. Mickūnai turi turtingą istorinę praeitį. Didysis Lietuvos kunigaikštis Vytautas padovanojo šias žemes Vilniaus kapitulai. 1818 – 1824 m. Mickūnų gyvenvietės savininkas buvo Vilniaus universiteto profesorius A. Bekiu – garsaus lenkų poeto Julijaus Slovackio patėvis. Slovackis dažnai būdavo Mickūnuose, kurdavo savo eilėraščius. XIX a. Mickūnų savininku tapo baronas A. Piler.
Netoli Mickūnų, Borkų dvare, buvo Lenkijos premjero A. Prystoro sodyba. 1935-1936 metais Janina Prystorova, talkinant vietiniams gyventojams, pastatė medinį mokyklos 7 klasių pastatą.
Pokario metais, nuo 1945 m. iki 1956 m., čia buvo septynmetė mokykla, nuo 1957 m. ji tapo vidurine.
Mokiniai baigę mokyklą su pagyrimu
